İçerik
Asıl fark
Tip I ve tip II kısıtlama enzimleri arasındaki temel fark, tip I kısıtlama enzimlerinin, tip II kısıtlama enzimlerine kıyasla çok karmaşık olması ve bunun dışında, tip I kısıtlama enzimlerinin aynı olmayan üç alt birimden oluşmasıdır. Öte yandan, tip II kısıtlama enzimleri iki özdeş alt birimden oluşur. İç pozisyonda DNA'yı kesen çekirdekler, kısıtlama enzimi olarak bilinir. Bu kısıtlama enzimlerinin kestiği nokta, DNA'nın ortasını günah işliyor ama sonunda değil. Kısıtlama enzimlerinin bu özelliği için, endonükleazlar olarak bilinir. Bu kısıtlamaya moleküler makas, moleküler bıçaklar, moleküler neşterler veya kısıtlama enzimleri de denir. Tanıma alanı veya kısıtlama alanı, bu kısıtlama enzimlerinin DNA'yı kestiği bölgedir. Bu kısıtlama sahası en az 4-8 baz çiftine sahiptir. Bu kısıtlama enzimlerinin üç grubu vardır; bunlar:
- Tip I kısıtlama endonükleaz
- Tip II kısıtlama endonükleaz
- Tip III kısıtlama endonükleaz
Tip I Kısıtlama Enzimleri
Tip I enzimler çoklu alt ünitelerdir ve modifikasyon ve kısıtlama enzimlerinin karmaşık kombinasyonlarıdır. Bu enzimler DNA'yı rastgele noktalarda ancak tanıma dizilerinden uzakta keser. Bu enzimlerin çok nadir olduğu biliniyordu ancak şimdi sıralı genomların analizinden sonra yaygın olduklarını keşfettik. Tip I kısıtlama enzimleri jel bantlama desenleri veya ayrık kısıtlama parçaları yapmazlar, bu nedenle pratik olarak tip II enzimler kadar kullanılmazlar, ancak özel biyokimyasal öneme sahiplerdir.
Tip II Kısıtlama Enzimleri
Tip II sınırlama enzimleri, tanınma yerlerinde veya tanınma yerlerine yakın, tanımlanmış konumlarda. Bunun dışında, ayrık jel bantlama kalıpları ve ayrık fragmanlar üretirler. Çok pratik değerdedirler ve çok yaygın olarak kullanılırlar. Ticari olarak yaygın olarak bulunurlar. Bu enzimlerin çoğu, homodimerler olarak DNA'ya bağlanır ve ayrıca simetrik olan DNA dizilerini de tanır. Bu kısıtlama enzimlerinin bazıları ayrıca asimetrik DNA dizilerini de tanır, çünkü bunlar heterodimer olarak bağlanır. Bazı enzimler ayrıca sürekli olan dizileri de tanır. Tez dizilerinde, iki yarım bölge tanıma dizisinin bitişiğindedir. Bu enzimlerin bazıları ayrıca, yarı bölgelerin birbirinden ayrıldığı, süreksiz dizileri de tanır. DNA'da meydana gelen bölünme bir tarafta 5 fosfat, diğer tarafta 3 hidroksil bırakır. Yaklaşık 200-350 aralığındaki alt birimlerle daha küçüktürler. En yaygın tip II enzimler, tip IIS'dir. Tanıma yerlerinin dışını bir tarafa bölerler. Boyutları normaldir ve asimetrik ve sürekli olan dizileri tanırlar. Biri DNA için diğeri de DNA'nın ayrılması için iki alana sahiptirler. Çoğu parça için DNA'yı monomer olarak bağlarlar. Çeşitli tanıma bölgeleri içeren DNA şeritleri, tip II tanıma enzimleri onlar üzerinde çok aktiftir. Diğer bir tip II enzimler, tip IIG'dir. Kısıtlama ve modifikasyon enzimleri vardır, ayrıca büyüktürler.
Anahtar Farklılıklar
- Tip I kısıtlama enzimleri, tip II kısıtlama enzimlerine kıyasla daha karmaşıktır.
- Tip I tanıma enzimleri, aynı olmayan üç alt birimden oluşur. Tip II tanıma enzimleri aynı iki alt birimden oluşur.
- Tip I kısıtlama enzimlerinin moleküler ağırlığı 400000 daltondur. Tip II sınırlama enzimlerinin moleküler ağırlığı, 20.000 ila 100000 daltondur.
- Tip I kısıtlama enzimlerinin kesim yeri, tanıma yerinden uzakta 1000 nükleotittir. Tip II kısıtlama enzimlerinin kesim yeri aynı tanıma bölgesindedir.
- Kesme sırası, tip I kısıtlama enzimlerinde spesifik değildir. Kesme sırası, tip II kısıtlama enzimlerinde spesifiktir.
- Tip I enzimleri, DNA'nın metilasyonla korunmasından sorumludur ve tip II enzimleri, metilasyon aktivitesine sahip değildir.
- Tip I enzimlerinin aktivasyonu için ATP, Mg2 + ve adenosil metionin gereklidir. Tip II enzimlerinin aktivasyonu için, sadece Mg2 + gereklidir.
- Tip I enzim, her ikisinde de endonükleaz ve metilaz aktivitesine sahiptir. Tip II sadece kısıtlama aktivitesine sahiptir, endonükleaz veya metilaz aktivitesine sahip değildir.
- Tip I enzimler, tip II enzimlerden önce tanımlandı.
- Tip I, iki farklı E.Coli suşunda tanımlandı.
- Tip I enzimlerinin örnekleri, Ecok ve EcoB'dir. Tip II enzimlerinin örnekleri Hind II ve EcoRI'dir.
